Основной целью проведения судебно-бухгалтерской экспертизы в гражданском и арбитражном процессах является помощь суду в собирании доказательств, установлении новых фактов и сведений по делу, разрешение вопросов, требующих специальных знаний в различных областях науки, техники, искусства, ремесла.

Экспертизы в гражданском процессе и в арбитражном проводятся по практически идентичным правилам. Судебно-бухгалтерская экспертиза назначается судом в процессе подготовки дела к судебному разбирательству (ст. 141 ГПК, ст. 112 АПК). Она может быть назначена по ходатайству истцов, ответчиков, третьих лиц, прокурора (ст. 30 ГПК, ст. 66 АПК). Суд может назначить экспертизу и по своей инициативе в любой стадии рассмотрения дела до вынесения по нему решения, а также назначить дополнительную или повторную экспертизу (ст. 181 ГПК). На время проведения экспертизы производство по делу может быть приостановлено.

Гражданским процессуальным кодексом РФ гарантируется запрет на разглашение экспертом сведений, полученных в результате проведении экспертизы, что обеспечивает полную конфиденциальность.